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projects:workgroups:clinicalstudy [2021/09/19 20:06]
zhen [Clinical Trials Working Group]
projects:workgroups:clinicalstudy [2024/01/15 15:59] (current)
zhen [Meetings]
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 **First use case**: To convert clinical trial data in [[https://​www.cdisc.org/​standards/​foundational/​sdtm|CDISC SDTM]] format to [[https://​www.ohdsi.org/​data-standardization/​the-common-data-model/​|OMOP]],​ with a view to allowing trial planning optimization. ​   **First use case**: To convert clinical trial data in [[https://​www.cdisc.org/​standards/​foundational/​sdtm|CDISC SDTM]] format to [[https://​www.ohdsi.org/​data-standardization/​the-common-data-model/​|OMOP]],​ with a view to allowing trial planning optimization. ​  
  
-**Approach**:​ We advocate minimum changes to the OMOP CDM and Standardized Vocabularies because we want to ensure minimum impact on OHDSI tools like Atlas, whilst providing a value-add SDTM-to-OMOP conversion with minimum data loss. We have proposed conventions introducing new concepts and modifiers, but no new CDM tables; and providing guidance for ETL developers where appropriate. Our proposals ​are built on OMOP CDM v6 and the Oncology extension, with v5.3.1 backward compatibility. ​  +**Approach**:​ We advocate minimum changes to the OMOP CDM and Standardized Vocabularies because we want to ensure minimum impact on OHDSI tools like Atlas, whilst providing a value-add SDTM-to-OMOP conversion with minimum data loss. We have proposed conventions introducing new concepts and modifiers, but no new CDM tables; and providing guidance for ETL developers where appropriate. Our proposals ​were originally ​built on OMOP CDM v6 and the Oncology extension, with v5.3 backward compatibility. In a new v5.4 the additions from the Oncology extension became standard, which made our changes minimal, thereby, making our proposals fully compatible with v5.4.   
  
 **Status**:​\\ ​ **Status**:​\\ ​
-Currently applying our proposed conventions ​to the PHUSE database (a synthetic ​SDTM database). +2022: CTWG was given access ​to 20 Vivli clinical study packages in the SDTM format. The CTWG team is doing an inventory of those study packages in order to prioritize SDTM-to-OMOP mappings. The existing CTWG guidance topics will be further assessed and new ones identified where necessary. ​ \\ 
-Proposals ​submitted to the OHDSI community in July 2020.\\ +- 2021: CTWG did an assessment of clinical trial data providers where SDTM data could be accessed. This eventually led to discussions with Vivli (i.e., general data usage agreements and platform feasibility evaluation). \\ 
 +2020: Used a synthetic representation of the CDISC SDTM data via PHUSE Test Data. Initial guidance topics were codified but require further testing with diverse real world SDTM data. The CTWG proposals ​submitted to the OHDSI community in July 2020.\\
 </​WRAP>​ </​WRAP>​
  
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 https://​github.com/​OHDSI/​ClinicalTrialsWGETL https://​github.com/​OHDSI/​ClinicalTrialsWGETL
  
 +Recent WG Updates: [[https://​youtu.be/​pWW72a9A5YE|Nov. 2022 Presentation]];​ [[https://​youtu.be/​ctPADsAoYpM|Oct. 2021 Presentation]] and [[https://​ohdsiorg.sharepoint.com/:​b:/​s/​Workgroup-Clinicaltrials/​EXbVRrl7hQNEiPhC48Zx0t4BfILfVjMiW85MtWBmGHRzFA?​e=nThgMV|Slides]]
 ---- ----
 ==== Meetings ==== ==== Meetings ====
 +{{:​projects:​workgroups:​ct_wg_ohdsi2021fallsymp.png?​direct&​300|}}
  
-**Schedule**:​  +**Spring 24 Schedule**: ​\\ 
-Biweekly calls on Fridays, ​7:30AM PT/9:30AM CT/10:30AM ET/3:30PM UK time on Teams [[https://teams.microsoft.com/​l/​channel/​19%3acc614694401a40b4b48668bd271cc9c0%40thread.tacv2/​General?​groupId=176311d3-ef0e-467c-bf6f-47c7f3aa82a0&​tenantId=a30f0094-9120-4aab-ba4c-e5509023b2d5|here]] ​+Bi-weekly ​on Fridays, ​8:30AM PT/10:30AM CT/11:30AM ET/4:30PM UK/11:30PM CST, from Jan19th;\\
  
-//**Note on accessing Teams channel above:**\\+*** Note on accessing Teams channel above:**\\
   * If you use the Teams desktop app and have multiple accounts, ensure you are already in the OHDSI Teams account before clicking the link above\\   * If you use the Teams desktop app and have multiple accounts, ensure you are already in the OHDSI Teams account before clicking the link above\\
-  * Alternatively,​ select the "web app" button in the link above for accessing meetings on your browser//+  * Alternatively,​ select the "web app" button in the link above for accessing meetings on your browser\\
  
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 **WG co-leads**: ​ **WG co-leads**: ​
-Mike Hamidi, Pfizer, US (Kamiar.Hamidi@pfizer.com) and +Mike Hamidi, Pfizer, US (Kamiar.Hamidi@pfizer.com),  
-Zhen Lin, Robot Bacon, US (Zhen.Lin@ohdsi.org)+Tom Walpole, ZS Associates, US, 
 +and  
 +Zhen Lin, Memorial Hermann TMC | Robot Bacon, US (Zhen.Lin@ohdsi.org)
  
  
 **Active members**\\ **Active members**\\
  
-^ Name      ^ Organization ​      ​^ Location ​                   ​+^ Name              ^ Organization ​                                            ​^ Location ​                  ​                                                                                                                                                                                                                         ^ 
-| Rebecca Baker    | CDISC        | Austin, ​Texas, USA        | | +| Chidi Asuzu ​    ​| ​                                                    | USA            |                                                                                                                                                                                                                          | 
-| Mike Hamidi ​     | Pfizer ​      ​| USA        | [[https://​www.linkedin.com/​in/​kamiar-mike-hamidi-0a908164/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20|}}]] | +| Rebecca Baker     ​| CDISC                                                    | Austin, ​TX, USA                                                                                                                                                                                                                                     | 
-Michael Kallfelz ​Odysseus Data Services Inc. CambridgeMA, USA |  +| Ian Braun ​        | Critical Path Institute ​                                 | Tucson, AZ, USA            |                                                                                                                                                                                                                          | 
-| Zhen Lin         ​| Robot Bacon  | Houston, TX, USA        | [[https://​www.linkedin.com/​in/​zhen-lin/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20|}}]], [[https://​twitter.com/​zhenLinPhDRN|{{:​wiki:​twittericon.png?​20}}]] | +| Melissa Cook      | Essex Management ​                                        | Boston, MA, USA            | [[http://​www.linkedin.com/​in/​mkcook|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20}}]] ​                                                                                                                                                     | 
-Katy Sadowski ​   ​TrialSpark ​  | New YorkNY, USA         ​| | +| Diane Corey ​      | Critical Path Institute ​                                 | Tucson, AZ, USA            |                                                                                                                                                                                                                          | 
-Philip Solovyev ​ ​| ​Odysseus Data Services Inc.     CambridgeMA, USA   ​| | +| Shital Desai     ​| ​                                                    | USA            |                                                                                                                                                                                                                          | 
-Anthony Sunjaya  ​The George ​Institute ​for Global Health,\\ UNSW Sydney ​SydneyNSWAustralia  ​| | +| Kerry Goetz       | National Institute of Health; \\ National Eye Institute ​ | Bethesda, MD, USA          | [[https://​www.linkedin.com/​in/​kerrygoetz/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20}}]] ​                                                                                                                                               | 
-Tom Walpole ​     ​Trials.ai    ​San DiegoCA, USA | +| Priya Gopal       | Flatiron Health ​                                         | New York, NY, USA          |                                                                                                                                                                                                                          ​
-Ariana Winder ​   ​REDCap Cloud BellefontePA, USA  | [[https://​www.linkedin.com/​in/​amwinder/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20|}}]] | +| Mike Hamidi ​      ​| Pfizer ​                                                  ​| USA                        | [[https://​www.linkedin.com/​in/​kamiar-mike-hamidi-0a908164/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20}}]] ​                                                                                                                              ​
-| Qi Yang          | IQVIA        | Plymouth Meeting, PA, USA        | |+Dan  Hartley ​                                                        ​USA            |                                                                                                                                                                                                                          | 
 +| Ying Huang ​      ​|National Institute of Health ​                                      | USA            |                                                                                                                                                                                                                          | 
 +| Asiyah Yu Lin     | National Institute of Health ​ | BethesdaMD, USA | 
 +| Zhen Lin          MH-TMC/Robot Bacon                                       ​| Houston, TX, USA           ​| [[https://​www.linkedin.com/​in/​zhen-lin/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20}}]],​ [[https://​twitter.com/​zhenLinPhDRN|{{:​wiki:​twittericon.png?​20}}]] ​                                                                              ​
 +Zhixin Lun        ​University of Colorado Anschutz Medical Campus ​          | Aurora, CO, USA            |                                                                                                                                                                                                                          | 
 +| Terrence McHugh ​  | Critical Path Institute ​                                 | TucsonAZ, USA                                                                                                                                                                                                                                     
 +Priya Meghrajani ​ ​| ​Talosix ​                                                 ​SeattleWA, USA           ​                                                                                                                                                                                                                         
 +Pam Nesbitt ​                                                        | USA            |                                                                                                                                                                                                                          | 
 +| Paul Orona     ​| ​                                                    | USA            |                                                                                                                                                                                                                          | 
 +| Daniel Olson      | Critical Path Institute ​                                 | TucsonAZ, USA            ​                                                                                                                                                                                                                         | 
 +| Katy Sadowski ​    | TrialSpark ​                                              | New YorkNYUSA          ​                                                                                                                                                                                                                         
 +Philip Solovyev ​  Odysseus Data Services Inc                             VilniusLithuania ​        | [[https://​www.linkedin.com/​in/​filippsolovev|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20}}]] ​                                                                                                                                             | 
 +| Cynthia Sung      | OHDSI                                                    | Seattle, WA, USA           | [[https://​www.linkedin.com/​in/​cynthia-sung-phd-fcp-ba01703/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20}}]] ​                                                                                                                             ​
 +Ramona Walls      ​Critical Path Institute ​                                 ​TucsonAZ, USA            | [[https://​www.linkedin.com/​in/​ramona-walls-41aa7599/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20}}]], [[https://​twitter.com/​Ramona_Walls|{{:​wiki:​twittericon.png?​20}}]], [[https://​github.com/​ramonawalls|{{:​wiki:​githubicon.png?​15}}]] ​ | 
 +| Tom Walpole ​      | ZS Associates ​                                           | Princeton, NJ, USA         ​| ​                                                                                                                                                                                                                         | 
 +| Kenneth Wilkins ​  | National Institute of Health ​                            | Bethesda, MD, USA          |                                                                                                                                                                                                                          | 
 +| Ying Xiao         | Penn Medicine, University of Pennsylvania ​               | Philadelphia,​ PA, USA      |                                                                                                                                                                                                                          ​
 +| Qi Yang           ​| IQVIA                                                    | Plymouth Meeting, PA, USA                                                                                                                                                                                                                           |
  
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Line 66: Line 86:
 | Eldar Allakhverdiiev | Odysseus Data Services Inc. | Cambridge, MA, USA|          ^ | Eldar Allakhverdiiev | Odysseus Data Services Inc. | Cambridge, MA, USA|          ^
 | Sonia Araujo * ​     | IQVIA | London, UK |  | Sonia Araujo * ​     | IQVIA | London, UK | 
 +| Junn Bautista ​    | Genentech ​                                                                 | South San Francisco, CA, USA  |                                                                                                                                                                                                                         |
 +| Elise Berliner ​   |                             ​| ​    |
 | Ted Bebi        | Medidata | Boston, MA, USA |  | Ted Bebi        | Medidata | Boston, MA, USA | 
 | Lina Clover  ​      | SAS | Raleigh-Durham,​ NC, USA |  | Lina Clover  ​      | SAS | Raleigh-Durham,​ NC, USA | 
Line 71: Line 93:
 | Shawn Dolley ​        | Open Global Health | Arlington, Virginia, USA | | Shawn Dolley ​        | Open Global Health | Arlington, Virginia, USA |
 | Rhonda Facile ​       | CDISC | Austin, Texas, USA | | Rhonda Facile ​       | CDISC | Austin, Texas, USA |
 +| Stephen Fortin ​   |                             ​| ​    |
 | Vojtech Huser        | National Library of Medicine,\\ National Institutes of Health | Bethesda, MD, USA |  | Vojtech Huser        | National Library of Medicine,\\ National Institutes of Health | Bethesda, MD, USA | 
 +| Michael Kallfelz ​ | Odysseus Data Services Inc.                              | Berlin, Germany ​           | [[https://​www.linkedin.com/​in/​michael-kallfelz/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20}}]] ​                                                                                                                                         |
 | Gregory Klebanov ​    | Odysseus Data Services Inc. | Cambridge, MA, USA |  | Gregory Klebanov ​    | Odysseus Data Services Inc. | Cambridge, MA, USA | 
 | Bess LeRoy  ​      | CDISC  | Tucson, AZ, USA |  | Bess LeRoy  ​      | CDISC  | Tucson, AZ, USA | 
-| James Liddil  ​      | M2Gen | Tampa, FL, USA |  +| James Liddil  ​      | M2Gen | Tampa, FL, USA |
-| Asiyah Yu Lin        | National Institute of Health; \\ National Center for Ontological Research | Bethesda, Maryland, USA | +
 | Maxim Moinat  ​      | The Hyve  | Utrecht, The Netherlands |  | Maxim Moinat  ​      | The Hyve  | Utrecht, The Netherlands | 
 | Alexandra Orlova ​    | Odysseus Data Services Inc. | Cambridge, MA, USA |  | Alexandra Orlova ​    | Odysseus Data Services Inc. | Cambridge, MA, USA | 
 | Joshua F. Ransom ​    | BEKHealth Inc | Wayland, MA, USA |  | Joshua F. Ransom ​    | BEKHealth Inc | Wayland, MA, USA | 
 | Chris Roeder  ​      | School of Medicine, University of Colorado | CO, USA |  | Chris Roeder  ​      | School of Medicine, University of Colorado | CO, USA | 
-Cynthia Sung         Bill & Melinda Gates Medical Research ​Institute | SeattleWAUSA|+Anthony Sunjaya ​  The George ​Institute ​for Global Health,\\ UNSW Sydney ​                     ​SydneyNSWAustralia ​    ​| ​                                                                                                                                                                                                                         ​|
 | Emma Vos             | The Hyve  | Utrecht, The Netherlands| | Emma Vos             | The Hyve  | Utrecht, The Netherlands|
 | Andrew Williams ​     | Tufts Institute for Clinical Research \\ and Health Policy Studies | Boston, MA, USA |  | Andrew Williams ​     | Tufts Institute for Clinical Research \\ and Health Policy Studies | Boston, MA, USA | 
 +| Ariana Winder ​    | Javara Research ​                                                      | State College, Pennsylvania,​ USA        | [[https://​www.linkedin.com/​in/​amwinder/​|{{:​wiki:​linkedinicon.png?​20}}]] ​                                                                                                                                                 |
 +| Stella Zhu      | Bill & Melinda Gates Medical Research Institute ​                           | Seattle, WA, USA|
  
 * Past leads * Past leads
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-**Want to contribute to the group?** [[https://​ohdsi.org/​join-the-journey/​|Opt-in here]], or email Mike and/or Zhen+**Want to contribute to the group?** [[https://​ohdsi.org/​join-the-journey/​|Opt-in here]]. \\ 
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projects/workgroups/clinicalstudy.1632081996.txt.gz · Last modified: 2021/09/19 20:06 by zhen